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黃原膠是以5分子糖為一單元，由與此相同的單元聚合而成的高分子多糖物質。每一單元由2分子葡萄糖、2分子甘露糖和1分子葡萄糖醛酸組成。其主鏈由β-葡萄糖通過1，4-糖苷鍵相連而成的2分子葡萄糖為單元，其結構與纖維素結構相同，相間在葡萄糖的C3上連有2分子甘露糖和1分子葡萄糖醛酸構成側鏈。在側鏈上有丙酮酸及羧酸側基。Chemicalbook因其側鏈含酸性基團，在水溶液中呈多聚陰離子，構成黃原膠的三級立體結構：帶陰離子的側鏈纏繞主鏈形成螺旋結構，分子間靠氫鍵形成雙股螺旋，而雙股螺旋結構間又是靠微弱的非共價鍵維系，形成規則的“超級接合帶狀的螺旋聚合體”。其所具有的獨特性能跟含有的丙酮酸有關，通常情況下黃原膠中丙酮酸含量的高低可以用來衡量其性能的優劣。