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理化性質除了水解肽鍵外，還具有水解酯鍵、酰胺鍵的能力，一般在pH5~10時較穩定,由于缺少半胱氨酸形成二硫鍵,故能被來自馬鈴薯、大豆、大麥的蛋白酶抑制劑所抑制,但不被疏基試劑金屬鰲合劑EDTA所抑制,Ca2+對此酶有一定的穩定作用,苯甲磺酰氟(PMSF)和其它磺酰鹵化物可引起堿性蛋白酶失活,另外,堿性蛋白酶的活性中心含Ser這一重要特征決定了其遇到作用于Ser的試劑如二異丙基氟磷酸(DFP)便失活。堿性蛋自酶對底物有高度專一性,只能水解蛋白質膚鏈,而不能水解淀粉、脂肪等其它物質,但是有可能水解多種蛋白質,另外,不同Chemicalbook的堿性蛋白酶具有對切開點按基側的專一性,如枯草桿菌堿性蛋白酶對酸性殘基的專一性等。

一些復方天然酵素，以高單位SOD酶為主要配方，不僅可用于腦、心、肝、腎等重要臟器的輔助，在方面的使用也取得了的成效。另外，還利用酶的競爭性抑制的原理，合成一些化學藥物，進行抑菌、殺菌和等的。如酶補脾補腎在等問題上，也有較好的調理。而磺胺類藥和許多素能抑制某些細菌生長所的酶類，故有抑菌和殺菌作用；許多物能抑制細胞內與核酸或蛋白質合成有關的酶類，從而抑制的分化和增殖，以對的生長；硫氧嘧啶可抑制碘化酶，從而影響甲狀腺素的合成，故可用于甲狀腺機能亢進等。